国防专利与普通专利的主要区别：一是受理和审查机构不同。普通专利由国家知识产权局受理和审查，国防专利由总装备部国防知识产权局受理和审查，具体工作由国防专利审查中心承担。二是类型不同。普通专利有发明、实用新型和外观设计三种类型，国防专利只有发明一种类型。三是申请要求不同。国防专利申请有保密要求，即申请国防专利的发明创造，应当是保密的，但绝密级发明不得申请国防专利。四是专利代理要求不同。委托专利代理机构申请国防专利的，必须委托总装备部国防知识产权局指定的34家国防专利代理机构。
（参见2004年9月国务院、中央军委令第418号《国防专利条例》）